Es mexicana nacida en Nueva York, EUA, el 25 de enero de 1951. Estudió la licenciatura en Arqueología y la maestría en Ciencias Antropológicas en la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH). Fue ayudante de investigación en el Departamento de Prehistoria del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), institución en la que se formó en la investigación interdisciplinaria. Posteriormente realizó el doctorado de tercer ciclo en Egiptología en la Universidad de París IV (Sorbonne).
Se ha dedicado por varias décadas a la investigación de Teotihuacan como ciudad excepcional de Mesoamérica. Ha desarrollado una línea de investigación que privilegia la articulación interdisciplinaria de la arqueología con la paleobotánica, la palinología, la paleozoología, la química, la física, la geofísica, la geología, la osteología y la genética, con el objetivo de abordar la vida en las primeras ciudades y Estados arcaicos, en especial, aquellos que no legaron textos para entender cómo funcionaron.
Ha excavado en México, particularmente, en el Valle de Teotihuacan desde 1974; sus proyectos centrados en la gran metrópolis del periodo Clásico abordan los siguientes temas:
cómo se vivía en la ciudad de Teotihuacan, en los conjuntos multifamiliares de los grupos corporativos (Premio Alfonso Caso a la mejor investigación en Arqueología 1994); cómo eran los barrios multiétnicos de Teotihuacan y la población migrante convocada como especialistas en artesanías (Premio Alfonso Caso a la mejor investigación en Arqueología 2013; Research Award 2015 del Shanghai Archaeology Forum de la Academia China de Ciencias Sociales); cómo se organizaban las caravanas hacia las regiones de Mesoamérica proveedoras de materias primas foráneas y bienes suntuarios; cómo se gobernó Teotihuacan; cómo y cuándo se colapsó la ciudad; y cómo se vivía en el Valle de Teotihuacan antes y después de la gran ciudad. Además llevó a cabo excavaciones en Cobá, Quintana Roo (1983 y 1984); en Xalasco, Tlaxcala (2008); Monte Albán, Oaxaca (1973); Abasolo, Guanajuato (1973); el Lago de Texcoco (1972), Cuenca de México; Santa Marta, Chiapas (1973). En el extranjero, en Tiwanaku, Bolivia, como parte del proyecto de la Universidad de Chicago (1988-1989); Ma’adi, Egipto, como parte de la Misión Arqueológica Italiana de la Universidad de Roma (1978); Arslantepé, Turquía, como parte de la Misión Arqueológica Italiana de la Universidad de Roma (1976, 1984, 1989, 1996 y 2013) e Israel, como asesora del Proyecto Magdala (2010 y 2012).
En 1983 ingresó como investigadora del Instituto de Investigaciones Antropológicas de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) donde continúa como investigadora titular. Es profesora de licenciatura (desde 2019) y posgrado (desde 1997) en Antropología de la UNAM; y de la licenciatura en Arqueología en la ENAH (de 1975 a 2013). Ha impartido 103 cursos y seminarios en instituciones como El Colegio de México, la Universidad Autónoma de Yucatán, la UNAM, la ENAH, la Universidad Internacional de Andalucía, Tinker Visiting Professor en la Universidad de Stanford, California (2007), y en el Posgrado de Antropología de la Universidad de Costa Rica. Dirigió el Instituto de Investigaciones Antropológicas de la UNAM (1998-2002). Además, ha presentado 350 conferencias y 293 ponencias sobre sus investigaciones.
Es autora y/o editora de 32 libros, 220 artículos y capítulos de libros, 9 reseñas y 78 informes técnicos sobre temas relacionados con el surgimiento y transformaciones de las sociedades urbanas tempranas en Mesoamérica, Mesopotamia, Egipto y la región andina. Algunas de sus obras son La constitución de la sociedad urbana en Mesopotamia: un proceso en la historia (1986); Akapana. Una pirámide en el centro del mundo (1992); Anatomía de un conjunto residencial teotihuacano en Oztoyahualco (1993; editora; Premio Alfonso Caso 1994); Estudios arqueométricos del centro de barrio de Teopancazco en Teotihuacan (2012; editora; Premio Alfonso Caso 2013); Teotihuacan: ciudad excepcional de Mesoamérica (2017) y Las sedes del poder en Mesoamérica (editora; 2020). Coeditó con Gary Feinman, la revista Latin American Antiquity de la Society for American Archaeology. Ha sido miembro de los comités editoriales de las revistas: Ancient Mesoamerica (EUA), Latin American Antiquity (EUA), Journal of Archaeological Research (EUA), Quaternary Research (EUA-Países Bajos), Trabajos de Prehistoria (España), Revista Arqueología (Argentina), Anales de Antropología (UNAM), Arqueología Mexicana, Estudios de Asia y África y Revista Universidad de México, así como de las series y enciclopedias: Atlas Histórico de Mesoamérica, The Archaeology of Ancient Mesoamerica, Fundamental Issues in Archaeology, Oxford Encyclopedia of Mesoamerican Cultures.
Le han entregado numerosos premios y reconocimientos, entre ellos, el Premio de la Academia de la Investigación Científica 1990; el Presidential Award de la Society for American Archaeology 1999; el Premio Universidad Nacional en Investigación en Ciencias Sociales y la distinción La Mujer del Año (ambos en 2003); las distinciones Juchimán de Plata 2011; el Premio Coatlicue 2013; el Premio Crónica 2016 en Academia; la Medalla Anáhuac en Humanidades, Filosofía y Letras 2017; el Reconocimiento a su trayectoria por parte del XXVIII Encuentro Los investigadores de la cultura maya, en la Universidad Autónoma de Campeche (2018) y la Distinción Sor Juana Inés de la Cruz 2025 de la UNAM.
Ha pertenecido a más de veinte sociedades científicas. Desde 1985 es miembro del Sistema Nacional de Investigadores del Conacyt y, desde 2021, investigadora nacional emérita; tiene el nivel D en el Programa de Desempeño y Primas Académicas de la UNAM. Miembro internacional de la National Academy of Sciences de Estados Unidos (2003), miembro de la Junta Directiva de la Universidad Autónoma Metropolitana (2004-2012), miembro extranjero de la American Philosophical Society (2006) y miembro de los 300 Líderes de México. Asimismo, ha sido miembro del Committee for Research and Exploration de la National Geographic Society, del Board of Trustees del National Museum of the American Indian. Ha formado parte de comisiones dictaminadoras de la National Oceanic and Atmospheric Administration, la Wenner Gren Foundation for Anthropological Research, la Nacional Geographic Society, la Smithsonian Institution de Washington DC, el Inter-American Institute for Global Change Research (IAI), del Conacyt y del Consejo de Arqueología del INAH.
Es doctora honoris causa por la UNAM (2010) y la Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga, Ayacucho, Perú, (2019).
Linda Rosa Manzanilla Naim ingresó a El Colegio Nacional el 9 de abril de 2007. Su discurso fue contestado por Miguel León-Portilla y Octavio Novaro Peñalosa.
El Tiempo: vórtices, ciclos, turbulencias de escenarios y poblaciones. El Tiempo nos enseña mucho; descubre velos, elimina máscaras, aclara visiones, particularmente cuando uno sacude el polvo de los milenios para que se levante en aire.
El arqueólogo se enfrenta a ese Tiempo sólo con las armas de la humildad, la observación acuciosa, la lógica de los patrones repetidos, la destreza de atar cabos que parecen no estar unidos. Pero sin duda ese “Tiempo” con mayúscula otorga retribuciones a quienes con respeto lo enfrentan: las recompensas de la comprensión profunda del comportamiento de los seres humanos y las civilizaciones, y, en algunos casos, la predicción de su actuar.
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